父子关系鉴定最简单且可靠的方法是通过DNA亲子鉴定。该方法基于人类遗传学原理，通过比对父子双方的基因位点，准确率可达99.99%以上。具体实施时，需采集父亲和孩子的生物样本（如口腔拭子、血液、毛发等），经实验室提取DNA后进行高通量测序分析。若基因位点匹配度符合遗传规律，则可确认亲子关系。
民间存在外貌对比、血型分析等传统方法，但科学依据有限。例如，血型测试仅能初步排除非亲子关系，无法作为确认依据。若父母为O型和AB型血，子女若出现AB型则存在矛盾，但需注意血型突变或检测误差的可能。外貌特征、习惯相似性等主观判断更易受环境因素影响，不具备法律效力。
DNA鉴定的优势在于：样本采集便捷（支持居家采样邮寄）、检测周期短（常规3-5个工作日出结果）、隐私保护完善（支持匿名委托）。司法鉴定需现场由专业人员采样并核验身份，适用于户籍申报、继承权确认等法律场景。个人隐私鉴定则满足家庭内部知情需求，检测报告仅作参考。
建议优先选择具备CNAS认证的检测机构，确保实验流程符合《亲权鉴定技术规范》。检测成本因样本类型而异，常规口腔拭子检测费用约2000-3000元，加急服务可缩短至24小时内出具报告。需注意，孕期亲子鉴定需通过无创胎儿DNA检测技术，孕满6周即可进行，避免传统羊水穿刺的流产风险。