在涉及抚养权争议、继承纠纷等民事诉讼案件中，法院能否强制当事人进行亲子鉴定，需要结合具体案情审慎判断。
根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条明确规定：父或母向人民法院起诉请求确认亲子关系不存在，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定确认亲子关系不存在的主张成立。
在实际司法实践中，若被申请人无正当理由拒绝配合鉴定，法院可依据进行事实推定。
以2021年郑州某区法院审理的抚养费纠纷案为例，原告张女士提供出生医学证明、疫苗接种记录等初步证据后，被告王先生经三次传唤仍拒不到庭配合鉴定，法院最终根据《民事诉讼法》第六十七条之规定，推定存在生物学亲子关系并判决被告承担抚养义务。
但需要注意的是，这种推定属于法律拟制而非客观事实确认。
2023年最高人民法院发布的典型案例中明确指出，在遗产继承纠纷中，主张亲子关系方仅凭被继承人照片、书信等间接证据，未完成初步举证责任的，法院不得强制要求对方配合鉴定。
因此，诉讼中是否启动亲子鉴定程序，需要综合考量主张方的举证充分性、对方抗辩的合理性及案件的社会影响等多重因素。
建议当事人遇到此类法律纠纷时，应当：
1. 及时收集孕检记录、共同生活证据等基础材料
2. 在诉前调解阶段通过公证处固定相关证据
3. 向法院提交书面鉴定申请时附具详细的理由说明
4. 必要时可申请专家辅助人出庭就技术问题进行说明
对于确实存在客观困难无法配合鉴定的情况（如被申请人出境定居、患重大疾病等），可依法向法院提交书面情况说明，并申请通过其他证据调查方式替代解决。
司法实践中，现代基因检测技术已能通过祖孙隔代鉴定、同胞半同胞鉴定等方式间接确认亲子关系，为特殊情形下的法律关系确认提供了更多可能性。